Awal berdirinya klinik gigi yang dipimpin oleh Ibu. drg. Nuniek pada tahun 1990-an bertempat di sisi Selatan Masjid untuk merawat kesehatan gigi siswa, guru, karyawan, jamaah, pengurus YMAI. Setelah itu berkembanglah menjadi klinik kesehatan umum dan beralih nama menjadi Balkesmas yang dipimpin oleh dr. H. Weningtyas, MARS.
Sehubungan dengan kondisi kian maraknya layanan kesehatan yang lebih besar dan komplit di sekitar masjid (RS dan Puskesmas) dan manajemen Balkesmas pun beralih tidak melayani kesehatan guru karyawan dan jamaah. Tetapi fokusnya pelayanan kesehatan kepada masyarakat yang tidak mampu di lingkungan kumis (kumuh miskin) dan kupat (kumuh rapat) setiap 3 bulan sekali, dalam bentuk :
Pemeriksaan Gula darah, Kolesterol, Asam urat- Pemeriksaan kesehatan umum
- Pemberian obat-obatan
- Pemberian sembako (sejak 2017), semua diberikan secara gratis
